可以引起腸胃炎的致病原包括細菌、病毒和寄生蟲等，常引起細菌性腸胃炎的致病菌有腸炎弧菌、沙門氏桿菌、病原性大腸桿菌、金黃色葡萄球菌、仙人掌桿菌及霍亂弧菌等。其它傳播力較強且症狀較嚴重，但在臺灣已較少見的桿菌性痢疾、霍亂、傷寒、副傷寒與腸道出血性大腸桿菌等疾病已列為法定傳染病，於本網站中介紹。