H1N1新型流感於本（98）年6月19日起，自第一類法定傳染病項下移除，並依現行第四類法定傳染病之流感併發重症之相關規範進行通報，指揮中心說明如下：
一、H1N1新型流感自本年4月起發生疫情至今，擴散至全球各大洲，世界衛生組織（WHO）於6月11日確定為大流行，已無法以圍堵策略將之侷限於部分區域。
二、惟截至目前為止，H1N1新型流感之流行病學顯示，其病程嚴重度仍屬溫和，與季節性流感相當。
三、爰此，自即日起，如發現疑似因H1N1新型流感併發重症病人，請依第四類法定傳染病之流感併發重症報告時限、通報及相關防治措施規定辦理。
四、指揮中心將利用全民健保資料結合社區病毒監測，更全面地、即時地掌握H1N1新型流感之病毒發展情況。一旦發現病毒有變異情形或嚴重度有改變，指揮中心將適時調整傳染病分類。
五、指揮中心仍將持續運作，以密切掌握疫情發展，並投入資源於因應後續疫情，請民眾與政府密切配合。